Alpha Rot war ein Virus, das von verschiedenen Wissenschaftlern nach einem Auftrag des Geheimdienstes der Neuen Republik während des Yuuzhan-Vong-Krieges entwickelt wurde. Das Virus beruhte darauf, dass alle Yuuzhan Vong und deren Geschöpfe eine bestimmte Gensequenz in ihrem Genom haben, die bei keinem anderen Lebewesen der bekannten Galaxis vorkommt. Dies war der Angriffspunkt von Alpha Rot, das nach einer Inkubationszeit von vier bis fünf Tagen tödlich verlief und hoch ansteckend war.
Dass dies auf einem Irrtum beruhte und auch Lebewesen, die ihren Ursprung nicht bei den Yuuzhan Vong hatten, betroffen waren, wurde beim ersten Einsatz gegen die Eindringlinge 29 NSY auf Caluula festgestellt
Alpha Rot wurde von einem Forscherteam der Neuen Republik und den Chiss entwickelt. Es wurde berechnet, dass eine 0,005 prozentige Chance bestünde, dass Alpha Rot mutiere und auch Organismen, die nicht von den Vong stammen, befallen könnte.
Das Virus sollte die Yuuzhan Vong sowie ihre Biotechnologie vollkommen auslöschen. Dif Scaur, der Leiter des Geiheimdienstes, war von der Waffe vollkommen überzeugt und wollte sie um jeden Preis einsetzen. Er stelle seinen Plan dem Hohen Rat vor, in dem er selbst eine Stimme hatte. Die Mehrheit war gegen den Einsatz der Waffe, darunter alle Jedi des Rates. Doch Cal Omas, der Staatschef der Republik, sah sich gezwungen den Einsatz freizugeben, wogegen die Jedi nichts unternehmen konnten. Vergere erfuhr jedoch von dem Plan und vernichtete alle Unterlagen zu Alpha Rot, woraufhin sich sein Einsatz um mehrere Monate verschob.